Штаб гражданской обороны в своей работе руководствуется Законом Азербайджанской Республики «О гражданской обороне», указом Кабинета Министров Азербайджанской Республики «Об обеспечении гражданской обороны» (указ № 193 от 25 сентября 1998 года) и другими документами, руководит организацией гражданской обороны, обеспечивает качественное и своевременное выполнение обязанностей, предупреждение чрезвычайных ситуаций и ликвидацию их последствий. 
Штаб гражданской обороны и пожарной безопасности Университета выполняет следующую работу:
В соответствии с планом гражданской обороны, проводит профилактические мероприятия по прогнозированию чрезвычайных ситуаций и ликвидации их последствий. Согласно годовому и пятилетнему планам мероприятий организует подготовку руководящего состава в области  гражданской обороны, проводит комплексные учения. С помощью системы оповещения обеспечивает своевременное предупреждение сотрудников университета и студентов об угрозе возникновения  чрезвычайных ситуаций. 
Создает и поддерживает в состоянии постоянной готовности технические системы управления гражданской обороны для своевременного использования и  укрытия сотрудников от радиоактивной пыли во время химического  заражения, ударной волны.
Обеспечивает постоянную готовность команды первой медицинской помощи к оказанию содействия во время аварий и разрушений. Организует подготовку командиров среди сотрудников университета в региональном отделе чрезвычайных происшествий и гражданской обороны города Сумгаита. Ежегодно 1 марта проводит Всемирный день гражданской обороны. Должность начальника штаба ГО и ПБ занимает Мамедова Айнур Аладдин гызы. Инженер по гражданской обороне -  Амирасланов Абдулла Амираслан оглу. Инженер по гражданской обороне и пожарной безопасности – Набиев Гусеин Паша оглу.